El proyecto del Stargate es renovado cuando Apophis, un alienígena de la misma raza que Ra llega a la tierra a través del Stargate buscando nuevos huéspedes. Jack O'Neill y su nueva compañera Samantha Carter son enviados a Abydos para encontrar a Daniel Jackson, en búsqueda de respuestas. O'Neill y Daniel Jackson serán ayudados por Teal'c, el Primado de Apophis. Si bien no pueden salvar a la esposa de Jackson, Sha're, y a su hermano Skaara, que han sido tomados como huéspedes, vuelven a la Tierra en donde el proyecto Stargate es reactivado por el presidente, y conforman el equipo SG-1...
El mayor Kawalsky ha sido infectado por una larva Goa'uld en su escape de Abydos. La larva es extraída pero esto no afecta su estado, lo que implicará la muerte de Kawalsky a manos de Teal'c...
El SG-1 visita un planeta en el que existe una cultura derivada de los antiguos mongoles y las mujeres son violentamente reprimidas. Carter asume un rol principal en un cambio en esta sociedad al negarse a dejarse llevar por sus reglas...
El equipo llega a un planeta dividido en dos zonas, una de la "Luz" y otra de la "Oscuridad". El lado oscuro es habitado por los individuos infectados por una plaga mortal que hace que vuelvan a estados primitivos. Sin saberlo, el SG-1 transporta este virus de vuelta a la Tierra, el SGC entra en cuarentena y es labor de Teal''c encontrar una cura...
El SG-9 se encuentra en una misión en otro planeta y lleva demasiado tiempo sin contactar con la Tierra. El SG-1 es enviado a revisar qué pasó con el equipo, y descubren que su líder ha perdido la razón y se ha autoinvestido con poderes divinos ante una civilización tecnológicamente inferior...
Unos misteriosos cristales azules crean un duplicado de O'Neill que regresa en su lugar al SGC. Cuando el verdadero O'Neill despierta vuelve a la Tierra para descubrir que su copia ha tratado de arreglar viejas tensiones existentes con su ex esposa debido a la muerte de su hijo...
Teal'c provee información de un animal extraterrestre capaz de hacerse invisible. El SGC considera importante investigarlo con propósitos tácticos. El SG-1 es enviado al planeta de la criatura solo para descubrir la existencia de una raza avanzada (pero sin embargo pacifista y que vive en contacto con la naturaleza) llamada los Nox...
En el planeta llamado Argos, cuyos habitantes viven solo 100 días debido a un experimento Goa'uld, Jack O'Neill es infectado con nanitas que lo hacen envejecer, y Carter deberá salvarlo...
El SG-1 viaja al planeta Cimmeria buscando a los Asgard, una poderosa raza, como aliados en su lucha contra los Goa'uld, pero cuando llegan Teal'c es atrapado junto a O'Neill en un laberinto por el "Martillo de Thor" (un aparato defensivo dejado por los Asgard para proteger a los habitantes de este planeta). Daniel Jackson se ve obligado a destruir este aparato, que bien podría salvar a su esposa, para liberar a sus amigos...
El SG-1 descubre que en 1945 el Stargate funcionó brevemente dejando atrapado al Dr. Ernest Littlefield en un planeta desconocido. Cuando llegan a éste, descubren que el planeta contiene un lugar de reunión para una antigua alianza de cuatro razas alienígenas avanzadas...
El hijo de Teal'c, Rya'c, ha llegado a la edad en la que se le debe implantar una larva de Goa'uld para sobrevivir. Teal'c quiere prevenirlo, pero cuando su hijo enferma repentinamente Teal'c se sacrifica dándole la suya y el equipo debe robar una para salvar a su compañero...
Al SG-1 se le ha implantado una falsa memoria que los hace creer que Daniel Jackson ha muerto. Lo que en realidad ha sucedido es que ha sido secuestrado por un alienígena que desea obtener de él cierto conocimiento...
La Goa'uld Hathor (reina capaz de engendrar millones de larvas) es despertada en una tumba maya. Descubre el proyecto Stargate y utiliza una rara feromona que es capaz de emitir para controlar a todos los hombres dentro del SGC. Es labor de las mujeres detenerla...
El SG-1 rescata a una niña de un planeta desolado por un virus para descubrir que en realidad es una bomba-humana puesta por la Goa'uld Nirrti en un plan para destruir el SGC. Finalmente la Dr. Janet Fraiser descubre que la bomba desaparecerá si la niña (Cassandra) es mantenida lejos del Stargate ya que se alimenta del Naqqadah del que está hecho...
Los habitantes de un planeta descubren que Teal'c fue culpable, mientras era el Primado de Apophis, de atrocidades y muchas muertes. Es sentenciado a muerte por un tribunal, pero cuando los Goa'uld atacan el planeta Teal'c salva la vida de los que le acusaban...
El SG-1 rescata un grupo de humanos avanzados llamados Tollan, pero los altos comandos militares y el NID (agencia civil que supervisa el SGC) tienen otros planes con ellos y su tecnología. Daniel Jackson logra salvarlos al enviar un mensaje a los Nox, que les conceden asilo en su planeta hasta que puedan ser rescatados por su gente...
Debido a un accidente Samantha Carter y Jack O'Neill se encuentran en un planeta helado y descubren que su Stargate no funciona. El equipo restante en el SGC trata de dar con ellos mandando muchas misiones a posibles destinos...
Duplicados del SG-1 son creados y confundidos con los originales. Cuando eso se descubre, los androides deben asumir su verdadera identidad y rescatar al verdadero SG-1...
Daniel Jackson es transportado accidentalmente a una dimensión paralela en la que los Goa'uld están a punto de conquistar la Tierra. De vuelta a su dimensión descubre que es solo cuestión de tiempo para que suceda lo mismo, pero tiene una ventaja debido información que trajo de su viaje...
El SG-1 utiliza el Stargate para viajar a la dirección traída por Jackson de la dimensión paralela, y descubren que se trata de una nave nodriza Goa'uld en camino a la Tierra. En ella está Skaara, que ha sido poseído por el hijo de Apophis, Klorel. La nave llega a la Tierra inesperadamente...
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