Temporadas y capítulos de Águila Roja

Gonzalo, un simple maestro de escuela, celebra la navidad junto a su mujer Cristina y su hijo Alonso. Mientras, un grupo de encapuchados asiste a una reunión secreta. Uno de sus miembros, el capitán Rodrigo, es acusado de traición pero consigue escapar. Perseguido por los hombres del comisario, se cruza con Cristina. Ésta es arrestada y torturada. Gonzalo encuentra a su mujer en la calle, que muere en sus brazos. Jura venganza y se convierte en Águila Roja para encontrar a los asesinos de su mujer y ayudar al pueblo.

Alonso no entiende por qué no puede ver a su tía Margarita y culpa a Gonzalo de la muerte de su madre. Sus actos rebeldes le llevan a meterse en líos, alistándose en el ejército. Margarita, rechazada por Gonzalo, está viviendo en la calle. Sufre un accidente y acaba encontrándose con la Marquesa, que le ofrece ayuda para que vuelva a Sevilla. Águila Roja y Sátur en su búsqueda del capitán Rodrigo dan con uno de los miembros de la Logia: el Conde de Queiroz. Mientras, el Comisario organiza redadas entre los mendigos. En una de ellas Margarita y Sátur son arrestados. Águila Roja decide actuar.

Alonso descubre que su tía vive como indigente y la sigue. Cae gravemente enfermo y Margarita le lleva a casa. En la Posada, Inés da un remedio contra la infertilidad a Cipri sin que se entere. La mujer que se lo proporcionó, Jimena, es acusada de brujería. Cipri, con la ayuda de Floro y la mano oculta del Águila Roja, tendrá que recuperar unos documentos que los relacionan con Jimena y por los que pueden ser condenados. En Palacio, la Marquesa prepara una gran fiesta a la que acudirá el Rey. La logia, pendiente de este evento, insta al Comisario a encontrar al Capitán Rodrigo ya que puede arruinar sus planes.

En la búsqueda incansable de los asesinos de su mujer, Águila Roja, acompañado por Satur, sigue la pista que les dio el Capitán Rodrigo hasta una misteriosa puerta. El Comisario, presionado por la Logia, decide encarcelar inocentes con el fin de atraer al héroe para matarle. En casa de Gonzalo, Margarita se reencuentra con Iñigo, un socio de su marido con el que se vio envuelto en timos y estafas. Éste, le amenaza con hacer daño a Alonso si no le paga una antigua deuda. El niño corre un grave peligro. Floro, el barbero, pierde los ahorros de la familia invirtiendo en un negocio de ron. Con la ayuda de Cipri, intentará arreglar el desaguisado a espaldas de sus mujeres. Por otra parte, Nuño, cansado de que se metan con él en la escuela, dispara a un compañero en un ataque de rabia.

Se celebran las pruebas para entrar en una importante academia de esgrima y Alonso está empeñado en participar. Gonzalo se lo prohíbe pero ante la insistencia del niño, decide prepararle para luchar. El combate decisivo entre Nuño y Alonso provoca un duelo entre Gonzalo y Comisario. Mientras Águila Roja sigue la pista de la Logia hasta el Señor de Alarcón, Sátur se reencuentra con el amor de su vida, Estuarda. El criado de Gonzalo tratará de reconquistarla, pero ella ya no es la mujer que conoció hace tiempo. Bruno, el hijo mayor de Floro y Catalina vuelve de la guerra. Aunque él no quiere agasajos, le tratan como a un héroe. Al joven no le queda más remedio que confesar que ha desertado, pero oculta un secreto aún peor que sólo desvela a Gonzalo.

Águila Roja y Sátur siguen la pista del Señor de Alarcón. Ayudados por Agustín, descubren la entrada al escondite de la Logia. Gonzalo sabe que Alonso, fascinado por el héroe, se ha empeñado en ser su escudero y le sigue en sus misiones.

Tras el descubrimiento de la guarida de la Logia, sus miembros deciden quemarla a fin de no dejar huellas. Águila y Sátur escapan de allí con una pista, el dibujo de unos símbolos. Estos, les conducen hasta una lista de posibles víctimas de la organización.

La Marquesa ante la incompetencia del Comisario para deshacerse de Águila Roja decide contratar a un misterioso guerrero oriental para matarlo. Éste, siembra el terror en la ciudad para atraer al héroe.

El barrio se prepara para recibir al Rey en las fiestas de San Felipe y la Logia ve por fin su oportunidad para preparar un atentado. Mientras, el Comisario ofrece una recompensa a quien entregue a Águila Roja.

Una serie de asesinatos de niños sacude el barrio. Juan, es detenido como sospechoso al tratar de salvar la vida de una de las víctimas, que le trae Águila Roja. En casa de Gonzalo, las tensiones aumentan y Margarita decide irse a vivir con Catalina.

El asesino de niños sigue suelto y la ciudad vive con miedo. El Comisario y Águila Roja buscan al culpable. Mientras, la conjura contra el Rey continúa. La Logia, junto a la Marquesa, rinde culto al que será el nuevo monarca, Felipe de Valois.

El candidato de la Logia para ser nuevo Rey ha llegado a la ciudad. Águila Roja y Sátur tendrán que internarse en las Mazmorras reales en su búsqueda. La Logia acusa de traición a la Marquesa, que debe demostrar su inocencia consiguiendo la llave de las mazmorras.

La Marquesa, designada por la Logia, será la encargada de llevar a cabo el atentado definitivo contra el Rey, sin saber que en realidad le han tendido una trampa.