Jennifer Garner nació en Houston, Texas, aunque se trasladó siendo muy niña a la localidad de Charleston, en Virginia. Allí, a la vez que estudiaba, comenzó a asistir a clases de ballet. Su padre Bill es ingeniero químico y su madre Pat es profesora de inglés. Tiene dos hermanas.

Tras concluir sus estudios en el instituto, decidió comenzar la carrera de química, que abandonó para estudiar interpretación en la Denison University. Después de intervenir en alguna obra de teatro en Nueva York se trasladó a California y consiguió aparecer en algunos episodios de "Felicity".

En 1998 fue elegida para ser una de las actrices principales de "Significant Others", una serie de televisión de la Fox que finalmente no tuvo mucho éxito, manteniéndose en antena poco más de un mes.

En el rodaje conoció a su futuro marido, el actor Scott Foley, lo que le valió el protagonismo de "Alias" (2001), una serie de televisión que le catapultó al estrellato en los Estados Unidos y que estaba producida por Foley.

La serie obtuvo un gran éxito de audiencia desde que comenzó a emitirse, con críticas realmente buenas, y muy pronto había fans por todos lados deseosos de ver cada semana a la protagonista luchando contra los malos, al tiempo que lucía su lado más sexy. La serie se mantuvo 5 temporadas en antena hasta su fin el 22 de Mayo de 2006. Durante ese tiempo, el sueldo de Jennifer ascendió desde los 45.000$ por episodio a los 150.000$, y fue nominada cuatro veces consecutivas a los Globos de Oro y a los Emmy. Jennifer ganó en 2005 un premio Screen Actors Guild por su interpretación.

En el cine apareció de enfermera en "Pearl Harbor" (2001), "Colega, ¿dónde está mi coche?" (2001), consolidando su fama con "Atrápame si puedes" (2002) de Steven Spielberg y la adaptación del cómic "Daredevil" (2003) que dirigió Mark Steven Johnson. En el año 2000 se casó con el actor Scott Foley del que se separó en el año 2004.

En el 2005 volvió a interpretar el personaje de "Elektra" en la película del mismo nombre. Después, la actriz mostró su lado más cómico en la comedia "El sueño de mi vida", que fue un éxito de taquilla y la convirtió en una de las actrices mejores pagadas y más importantes en Hollywood.

Jennifer Garner es conocida por interpretar sus propias escenas de riesgo en la pantalla, como se descubrió durante la gira promocional de Elektra, de la que tuvo que retirarse al sufrir daños nerviosos en la espalda durante el rodaje de Alias.

Garner apareció en 2005 dentro de la lista recopilada por la revista norteamericana Forbes de "Los 100 Personajes Más Poderosos". Apereció luego en el quinto puesto del ranking de actrices mejores pagadas con unas ganancias de 14 millones de dólares durante 2004-2005 y octava, tras Cameron Díaz, en el ranking de mujeres más poderosas.

Durante la Ceremonia de Entrega de los Óscars de 2006, Jennifer tropezó con su vestido, diseñado por Michael Kors, durante la presentación del premio a la mejor edición de sonido, provocando uno de los momentos más divertidos de la gala. No llegó a caerse, pero sí a perder el equilibrio, lo que provocó el susto de los asistentes hasta que ella misma declaró antes de entregar el premio entre risas; "¡Hago mis propias escenas de acción!".

Jennifer ha formado su propia compañía de producción llamada Vandalia Films, la cual produjo su primera película en 2007.

En 2008, estrenó "Juno", en la que Garner interpreta a una mujer ansiosa de ser madre pero con problemas para concebir. Juno tuvo una gran acogida y obtuvo el Oscar al mejor guión original...